Penyelarasan sekuens DNA dan skor
Bandingkan alignment dengan mismatch dan gap menggunakan skor sederhana.
dasar #alignment
Yang akan kamu pahami
Skor alignment dari pasangan karakter, mismatch, dan gap.
Konsep inti
Alignment menata dua sekuens untuk menilai kemiripan. Match diberi skor positif dan mismatch atau gap biasanya penalti. Skor bergantung pada model; alignment lokal mencari wilayah terbaik, sedangkan alignment global mencakup seluruh sekuens.
Coba langkahnya
Skor match +2, mismatch −1, gap −2. Bandingkan beberapa susunan ACGT dengan AGT.
| 1 | 2 | 3 | 4 | |
|---|---|---|---|---|
| Sekuen 1 | A | C | G | T |
| Sekuen 2 | A | – | G | T |
| Skor kolom | · | · | · | · |
| Total | · | · | · | · |